Après le départ du sous-directeur régissant la division littéraire de l’ENS, le directeur (scientifique) gouverna seul, avec simplement deux « directeurs de la recherche et des études » à ses côtés (une pour chaque division), tout en préparant une modification de l’organigramme de l’ENS. Depuis 2000, le directeur est secondé par deux sous-directeurs (un de chaque division), chacun d’entre-eux étant toujours assisté par un ou une directeur/rice de la recherche et des études.